克罗恩病的治疗目标是诱导活动期的病情缓解，维持缓解以及防止并发症，提高患者的生活质量，那么有以下三方面：

第一是一般治疗。所有克罗恩病患者必须戒烟，保持充足的营养和纠正特殊营养成分缺乏甚为重要。

第二药物治疗，首先是氨基水杨酸制剂，对于轻度的克罗恩病患者维持用药是首选的；第二是糖皮质激素，对小肠和大肠克罗恩病都有效，是目前控制病情活动最有效的药物，但是不能维持用药；第三是免疫抑制剂，硫唑嘌呤，巯嘌呤等等，它可作为维持用药，但有引起白细胞减少等骨髓抑制表现；第四是抗菌药物，光谱抗生素如喹诺酮类，加上甲硝唑是有效的治疗手段；第五是生物制剂，市场上最常用的现在是英夫利西单抗，但是应用生物制剂之前，一定要排除活动性感染，如脓肿、结核等等，有肿瘤病史者也避免使用；第六是其他治疗，比如益生菌可以作为辅助用药。

第三手术治疗，主要是针对并发症，包括完全性机械性肠梗阻、瘘管或脓肿，经内科治疗无效者以及急性穿孔，或不能控制的大量出血，还有怀疑癌变者，应该进行外科手术。