克罗恩病的治疗包括三大方面：

第一是一般治疗，所有的克罗恩病患者必须戒烟，同时要保证充足的营养。

第二是药物治疗，首先是氨基水杨酸制剂，它对克罗恩病的结肠炎以及回肠结肠炎，都是有效的，也可作为维持用药。

第三是糖皮质激素，对小肠和大肠克罗恩病都有效，是目前控制病情活动最有效的药物，但是不作为维持用药。

第四是免疫抑制剂，包括硫唑嘌呤等等，适用于对激素治疗效果不佳，或对激素依赖的慢性活动性病例，也可作为维持治疗，但是容易导致骨髓抑制，同时起效较慢。

第五是抗菌药物，一般推荐广普抗生素，如喹诺酮类药物加上甲硝唑。

第六是生物制剂，目前应用于临床并取得较好效果的是英夫利昔单抗，但是有活动性感染，如脓肿结核等是禁忌使用的，有肿瘤病史者也避免使用。

第七是其他治疗，比如益生菌，可以作为克罗恩病的辅助治疗。

最后一个方面是手术治疗，针对其并发症，包括完全性机械性肠梗阻，瘘管或脓肿经内科治疗无效者，以及急性穿孔或不能控制的大出血，还有怀疑癌变者，是需要手术干预的。