新生儿的大便秘结，首先要排除先天性消化道畸形，正常的新生儿在出生以后48小时之内，要排胎便。如果在48小时内未排出胎便，必须警惕孩子有消化道的畸形，常见的有先天性无肛或肛门闭锁狭窄，先天性肠闭锁，先天性巨结肠等，有的是因为新生儿出现肛周脓肿，肛裂，由于排便时会加剧疼痛，因而会造成新生儿不愿排便，导致便秘。还有脊髓发育功能异常，脊髓膨出，脊柱裂，脊髓栓系，脊髓占位，脊髓损伤等，都可以排便神经反射降低，影响排便。

在排除外科性疾病的基础上，有些内科疾病也可以引起便秘，最常见的是先天性甲状功能低下，新生儿可以出现腹胀，便秘的消化道症状，同时还有病理性黄疸，喂养困难，反应低下，肌张力减低等表现。

此外，新生儿肠道功能发育未完全完善，饮食对排便的影响很大，孩子在母乳和奶粉转换，或换奶粉品牌时，有可能出现胃肠道功能紊乱。还有新生儿喂养不足，奶量及水分摄入不够，也会导致大便秘结，还有些新生儿存在牛奶蛋白不耐受，也可出现排便不畅的表现。