大部分成人幽门螺旋杆菌在儿童早期获得，通常感染后难以自发清除，并与儿童期慢性胃炎，消化性溃疡，缺铁性贫血，生长发育迟缓等疾病密切相关。因儿童生长发育机体免疫及药物代谢等方面的自身特点，导致儿童根除幽门螺杆菌可选择的抗生素种类少，对药物的不良反应耐受性低，根除后再感染率高，所以儿童幽门螺杆菌感染根除治疗的适应症和根除方案方面的选择更加严格。

对于无症状或症状轻微的儿童，并不主张为了预防成人期幽门螺杆菌感染相关并发症进行根除治疗，在根除治疗方面也是更注重首次治疗规范化，根据当地的幽门螺旋杆菌不同药物的耐药性，或是患儿的药敏性选择根除方案。还有是预防再次感染，幽门螺旋杆菌被定义为一种传染性疾病，通过粪口或口口途径传播，因此要注意饮水卫生。在保护易感人群方面，因为幽门螺杆菌感染具有家庭聚集现象，故餐具定期消毒，家人间就餐应该使用公筷，避免和感染幽门螺杆菌的家人密切接触等，可减少病菌传播。