肺真菌病常见有肺念珠菌病，肺曲霉菌病，肺隐球菌病以及肺孢子菌肺炎。

肺念珠菌病的治疗对于轻症患者在消除诱因后，病情常能逐渐好转，病情严重者，则及时应用抗真菌药物，氟康唑，伊曲康唑，伏立康唑和泊沙康唑均有效果。

肺曲霉病，包括侵袭性肺曲霉菌病，气管支气管曲霉病，慢性坏死性肺曲霉病，曲霉肿和变异性支气管肺曲霉病。

对于侵袭性肺曲霉病，气管、支气管曲霉病和慢性坏死性肺曲霉病的治疗，首选伏立康唑。

对于曲霉肿的治疗，主要预防威胁生命的大咳血，如条件许可则应手术治疗。支气管动脉栓塞可用于大咳血的治疗，支气管内和脓腔内注入抗真菌药或口服伊曲康唑可能有效。

急性变异性支气管肺曲霉病，首选糖皮质激素。慢性变异性支气管肺曲霉病，糖皮质激素剂量7.5至10毫克每天，疗程根据情况决定，一般需要3个月或更长。抗真菌治疗可选用伊曲康唑，伏立康唑和泊沙康唑也有效，可酌情使用β2受体激动剂或吸入糖皮质激素。

肺隐球菌病治疗上，可选用氟康唑，伊曲康唑或两性霉素B。对于免疫功能正常的无症状者，可临床观察，随访或口服氟康唑，疗程3至6个月。有症状的患者疗程6到12个月，重症患者尤其是合并隐球菌脑膜炎者，可联合使用两种抗真菌药物，例如两性霉素B，联合五氟胞嘧啶治疗等等。

肺孢子菌肺炎，除了对症治疗和治疗基础病之外，主要是病原治疗，首选复方磺胺甲恶唑。