肺结核的化学治疗的目标是治愈疾病达到杀菌，灭菌的目的，从而阻断传播，防止复发，防止耐药性产生，它的原则是早期联合规律，全程足量。国际上通用的抗结核药物有十余种，一般分为基本抗结核药物，即一线药物，及次要抗结核药物，即二线抗结核药物复制用药两大类。

基本抗结核药物有异烟肼、利福平、吡嗪酰胺，链霉素等；二线抗结核药物，包括卡那霉素、阿米卡星、卷曲霉素、喹诺酮等的。要依据病情，尤其是痰结核杆菌的检查结果，一般应包括两个月，含三到四种抗结核药物的强化期，及四至七个月含两至三种药物的持续期，要依据系初治病例或复治病例而制定方案。

制定方案时，在力求保证化疗疗效的同时，还需考虑病人的安全性，耐受性和可接受性，初治者及既往未曾接受过任何治疗或用药不足一个月者，宜选用一线药物，复治病例及初治失败或治疗后复发者，应依据既往用药史考虑耐药性存在的可能而定，可选用一线药物或二线药物。加强化学治疗的管理，还需注意观察可能发生的不良反应及做出相应的处理。

耐多药结核菌的治疗原则为，以化疗为中心的综合治疗，免疫治疗，介入治疗及外科治疗，也是耐多药结核病综合治疗的重要组成部分。