输卵管妊娠的主要病因是输卵管的炎症，可分为输卵管黏膜炎和输卵管周围炎。输卵管黏膜炎，轻者可使黏膜粘连，管腔变窄，或使纤毛功能受损，从而导致受精卵在输卵管内运行受阻，而于该处着床。输卵管周围炎病变主要在输卵管浆膜层或浆肌层，常造成输卵管周围粘连，输卵管扭曲，管腔狭窄，蠕动减弱，影响受精卵运行。淋病奈瑟菌及沙眼衣原体所致的输卵管炎常累及黏膜，而流产和分娩后感染往往引起输卵管周围炎。

结节性输卵管峡部炎是一种特殊类型的输卵管炎，多由结核杆菌感染生殖道引起，该病变的输卵管黏膜上皮呈稀水样向肌壁内伸展，肌壁发生结节性增生，使输卵管近端肌层肥厚，影响其蠕动功能，导致受精卵运行受阻，容易发生输卵管妊娠。

其他病因还包括输卵管妊娠史或手术史，输卵管发育不良或功能异常，辅助生殖技术，避孕失败或者是子宫肌瘤或卵巢肿瘤压迫输卵管，影响输卵管管腔的通畅性，使受精卵运行受阻。