肛门瘙痒的病因较为复杂，主要与接触某种致敏物或刺激食物过度清洗等，对肛周皮肤的接触性刺激有关。另外饮食因素，过多收入咖啡，食用辛辣刺激性食物，如辣椒，芥末，大蒜，饮酒，柑橘类水果，西红柿等。

过敏反应，某些蛋白质食物、花粉等，可致部分人过敏体内，产生过多的组胺作用于神经末梢而产生痒感。不良的卫生习惯，大便后肛门没有擦拭干净，残留物会引起瘙痒，过度清洗，擦拭太用力等也是导致肛门瘙痒。

药物因素，如吗啡、奎宁、麻醉药抗生素等。环境因素，如夏季炎热多汗等。局部刺激，如使用刺激性肥皂或湿巾清洗或擦洗肛门。

着装不良，穿着窄小的衣服或穿质地不适的内裤，如某些化纤物或质地粗糙，布料，使汗液不易散发及摩擦，也诱发肛门瘙痒。

内因，肛门直肠疾病，如肛门失禁，痔疮，肛裂，肛瘘，直肠脱垂，肛窦炎，肛乳头肥大等会刺激肛周皮肤产生瘙痒感感染。

真菌细菌和寄生虫感染等，精神性因素过多兴奋，焦虑和抑郁等。其他疾病，糖尿病，甲状腺功能亢进，腹泻，便秘，生殖器疣等疾病患者均可出现肛门瘙痒。