尿道瘘的常见并发症是尿路的感染，肛门附近的细菌，很容易通过尿道瘘的瘘口进入瘘管，进而侵犯尿道，沿着尿道还可进入膀胱、输尿管以及肾盂等位置，并在相应位置进行定殖。 其次，当尿道瘘的位置较深，损伤了逼尿肌，导致逼尿肌不能正常的控制排尿，便会出现尿液不自主的沿着正常尿道口或尿道瘘口流出。 此外，尿液长期的尿道瘘口流出，对会阴部的皮肤造成刺激，出现湿疹等疾病。
尿道瘘很难自行愈合，需要手术治疗。若尿道瘘的瘘口位置表浅，瘘口较小，无明显炎症等情况下，可以进行尿道瘘口的修补手术。若尿道瘘的瘘口位置较深，瘘口较大，可以进行尿道瘘口的切除，然后根据切除的大小决定是否需要瓣膜移植等。 若瘘口存在明显的炎症，需要积极的进行抗炎治疗，待炎症控制后方可进行手术。若瘘口处有脓肿，则需要先进行脓肿的切开引流，后期再行手术治疗。
尿道瘘常见的危害是尿路感染，因尿道瘘的瘘口缺乏正常的防御机制，细菌容易沿着瘘口进入尿道，甚至进入膀胱、输尿管及肾盂引起尿路感染。 其次，尿道瘘的瘘口不时会有尿液漏出，容易出现会阴部皮肤的湿疹，严重者还可出现会阴部皮肤的破溃流脓等。 此外，若不能得到及时的治疗，可能会造成瘘口的不断扩大，当损伤到控制排尿的肌肉时，可能会出现尿失禁的症状，严重影响生活质量。
尿路感染是有可能导致发热的，特别是感染较重的上尿路感染，当感染较重时，尿液中的病原菌也可能通过扩张的毛细血管进入血液，随着血液循环进入全身，引起全身的炎症反应，出现发热等全身症状。 若病原菌在血液中定殖并分泌毒素，还会造成菌血症，甚至脓毒血症等情况。所以，当尿路感染出现发热时，需引起高度重视，尽快到医院就诊，及时控制感染。
尿路感染需要合理的抗生素治疗，可经验性的选择相应的抗生素治疗。同时，留取尿液标本进行尿液的菌培养及药物敏感试验，然后根据细菌培养及药敏试验的结果，决定是否更改抗生素种类。 对于相对较轻的尿路感染，可口服抗生素治疗。但是，对于感染严重者，则需要按疗程静脉滴注抗生素治疗。 此外，出现尿路感染时，还需要多喝水、勤排尿，促进带有炎症的尿液的排泄，有利于感染的控制。
